Pirmąją medinę bažnyčią pastatė karaliaus dvariškiai B. Berdovskis ir S. Campa. Ji pašventinta 1679 m. Maždaug po šimtmečio pūvanti bažnyčia buvo remontuojama. Nuo 1612 m. pradėtos vesti parapijos knygos. 1817 m. pastatyta nauja mūrinė bažnyčia, kuri 1944 m. buvo susprogdinta. Laikinai bažnyčia buvo įrengta Klampučių dvare, ūkininko Šukio kluone. 1950 m. buvo pastatyta medinė vienaukštė, bebokštė bažnyčia. Lankeliškiai žinomi ir dėl įvykusios skaudžios istorijos. 1941 m. birželio 22 d., pirmosios karo dienos ankstų rytą, iš Lankeliškių parapijos klebonijos enkavedistai išvežė ir Budavonės miške žiauriai nukankino tris kunigus: parapijos kleboną kun. Vaclovą Balsį, vikarą kun. Joną Petriką ir į svečius atvykusį Vilkaviškio kunigų seminarijos profesorių kun. dr. Justiną Dabrilą.

Nuo bažnyčios, esančios ant kalvelės prie Širvintos upės, atsiveria vaizdas į plačias apylinkes.