Marijampolės evangelikai prašymą įkurti parapiją ir statyti bažnyčią vyriausybės komisijai Varšuvoje įteikė 1819 metais. Iš pradžių maldos namams jie naudojo sandėlio patalpas, o vienanavė mūrinė bažnyčia pradėta statyti 1835 metais, jos įrengimo darbai baigti 1841-aisiais. Tais pačiais metais šalia bažnyčios pradėjo veikti evangelikų liuteronų mokykla, netrukus buvo pristatytas ir bokštas. Antrojo pasaulinio karo pradžioje bažnyčia uždaroma, sviediniui pataikius į bokštą, jis sugriaunamas. Bažnyčios turtas nacionalizuojamas, ji paverčiama grūdų sandėliu, vėliau – sporto sale, šalia kurios dar pristatomas baseinas. Evangelikų liuteronų parapijai pastatas grąžintas 1992 metais, jo restauravimo darbai tęsėsi iki 1995-ųjų.