Lietuvos švietimo ministerija 1921 metais leido marijonų kongregacijai Marijampolėje steigti privačią aukštesniąją mokyklą. Marijonų vienuolyno teritorijoje 1923 metais pastatytas trijų aukštų juvenatas – gimnazija su bendrabučiu. Į gimnaziją priimti berniukai nuo 12 metų, iki Lietuvos okupacijos ji išleido 12 moksleivių laidų. 1940-aisiais gimnazija uždaryta. Kunigų marijonų iniciatyva 1997 metais ji atgaivinta, o nuo 2000-ųjų suremontuotame senajame pastate pradėjo veikti marijonų vidurinė mokykla, kuriai 2008-aisiais suteiktas gimnazijos statusas.