Pirmoji medinė bažnyčia pastatyta 1685 m., vėliau perstatyta. Klebonas kun. Moteijus Olekas su parapijiečiais 1872-1874 m. bažnyčią padidino, pristatė šonines koplyčias. Šventovę 1884 m. Švč. Trejybės titulu konsekravo iš Pilviškių kilęs Seinų sufraganas vyskupas Juozas Oleka. Jos šventorius buvo aptvertas medine tvora. Vėliau pastatyta varpinė. Bažnyčios planas buvo T raidės formos. Tris vienodo dydžio sparnus užbaigė trisienės apsidės. Antrojo pasaulinio karo pradžioje medinė bažnyčia sudegė, teliko mūrinė varpinė. 1942 m. pagal architekto S. Kudoko projektą buvo pradėta statyti nauja mūrinė bažnyčia, bet dėl atsinaujinusių karo veiksmų, statybą teko nutraukti. 1947 m. pastatyta laikina medinė bažnytėlė. Ji buvo ne kartą remontuota, 0 1985 m. kapitaliai sutvarkyta: perdengta nauja perdanga, atnaujintas vidus, iš apleistos Parausių koplyčios perkeltas ir restauruotas didysis altorius, padaryti nauji šoniniai altoriai ir vargonai, pastats iš lauko nudažytas. Sutvarkytas ir naujai aptvertas šventorius. Laikinoji medinė bažnyčia stačiakampio plano, žemu dvišlaičiu stogu. Nebaigtos statyti bažnyčios mūrinės sienos stovėjo iki 1992 m. Tik naujai paskirtas klebonas kun. Antanas Žukauskas nusprendė užbaigti statyti bažnyčią. 1993 m. architektas P. Adomaitis , remdamasis S. Kudoko projektu, parengė bažnyčiai baigti reikalingus brėžinius. 1997 m. rugpjūčio 31 d. bažnyčią konsekravo Vilkaviškio vyskupas J. Žemaitis MIC. Ji kvadrato formos, trijų navų bazilika. Navas skiria trys poros sudvejintų kolonų. Bažnyčios šventoriuje stovi neogotikinė kvadratinė varpinė. Bažnyčios šventoriuje yra palaidotas kun. Vladas Pėstininkas. 1924-1937 jis buvo Pilviškių parapijos vikaras, progimnazijos kapelionas, muzikos mokytojas, choro ir orkestro vadovas, pasirūpino, kad būtų pastatyta ir įrengta senelių prieglauda. Čia palaidotas ir naujosios bažnyčios statytojas g. kan. A. Žukauskas (1963-2005).