Pirmą kartą rašytiniuose šaltiniuose koplyčia paminėta 1872 m. Antupių ir dar kitų kaimų gyventojai XIX a. II pusėje nusipirko iš ūkininko Jurgio Masaičio Antupių kaime žemės sklypą, kuriame įruošė kapinaites ir netrukus pastatė didesnę koplyčią. 1924 m. antupiškiai iškirto kapinių medžius, iš jų išpjautomis lentelėmis perdengė koplyčios stogą, aptvėrė kapines. 1925 m. ūkininkas Juozas Krulikas atgabeno iš Žemosios Panemunės tos parapijos klebono vargonėlius. Koplyčioje kasmet buvo švenčiami Šv. Jono, Šv. Morkaus ir Šv. Andrejaus atlaidai, laikomos pamaldos už mirusius antupiškius. Koplyčią aptarnaudavo Vilkaviškio kunigai, kuriuos pakaitomis atveždavo Antupių ūkininkai. Koplyčios priekyje 1910 m. pristatytas prieangis, o iš šono – nedidelė zakristija. Sovietmečiu ji neveikė, buvo uždaryta. 1989 m. grąžinta tikintiesiems. Pastato planas stačiakampis su trisiene apside. Koplyčia darnių proporcijų, paprastų liaudies architektūros formų. Koplyčia vienanavė, altorių puošia neobarokinė nukryžiuotojo skulptūra. Virš pagrindinio įėjimo yra stulpeliais paremtas vargonų choras. Pagrindinį fasado frontoną pratęsia kvadratinis su piramidiniu stogeliu bokštelis su įtaisytu paprastų formų kaltiniu kryžiumi. Šis ir antrasis nežinomo liaudies kalvio darbo ornamentuotas kryžius, esantis ant stogo šelmens iš vakarų pusės, savo kompozicijomis ir ornamentais būdingi Suvalkijos (Sūduvos) kaltiniams kalvių darbų kryžiams. Antupių koplyčioje yra išlikę Jėzaus krikšto ir Šv. Morkaus paveikslai, piešti XIX a. pabaigoje (aliejus, drobė). Taip pat yra įdomus baroko stiliaus kryželis – relikvijorius, lietas 1643 m.