Dvarą XVI a. pr. įkūrė vokiečių miško pirklys Hanusas Sudormanas, gavęs 1502 m. iš Žygimanto Senojo išsikirtimui prie Nemuno miško sklypą. Balbieriškio dvaras nuo miestelio įkūrimo iki 1507 metų priklausė minėtam vokiečiui H. Sudormanui, 1507-1670 metais kunigaikščiui Motiejui Mikitiničiui Holovčinskiui, jo sūnui, vėliau vaikaičiui. XVII-XVIII amžiuje dvarą valdė Korvin Gonsievskiai, Lietuvos iždininkas Benediktas Sapiega, Kauno pavieto vėliavininkas Liudvikas Chelchovskis, grafas Stasys Tiškevičius, vėliau generolas Tadas Tiškevičius, po 1847 metų jo dukros Juzefa Vodzinskienė ir Marijona Lempickienė. Apie 1888 metus dvaras atiteko Eduardui Žoltovskiui. Po Mykolo Krupavičiaus žemės reformos dvaras buvo konfiskuotas ir išparceliuotas.

Dvaro sodybą sudarė rūmai, kumetynai, sodininko namas, arklidės, keletas kitų ūkinių ir gamybinių pastatų, iš kurių šiai dienai išliko kumetyno griuvėsiai ir kultūros namais paverstos arklidės. Sodybą supo 8 ha ploto landšaftinio stiliaus parkas, įkurtas Peršėkės upelio kilpoje. Jame išliko amerikinių liepų alėja, auga totoriniai ir ginaliniai klevai, europiniai maumedžiai, uosiai. Balbieriškio dvaro parkas – saugomas gamtos paveldo objektas.