XVI amžiaus pradžioje, prie Nemuno esančioje Balbieriškio girioje, iškilo nedidelis Hanuso Sudarmano dvarelis. Iki 1520 metų Balbieriškyje jau buvo pastatyta pirmoji karališkosios fundacijos Šv. Petro katalikų bažnyčia. Jos pirmuoju klebonu buvo kun. Martynas Abramavičius. Kuriantis parapijai, bažnyčiai buvo padovanoti 2 valakai ir 9 margai geros žemės. Nelengva buvo pirmosios bažnyčios kūrimosi pradžia: valdas čia turėjęs kunigaikštis Jaroslavas Holovčinskis (iš provoslavo pats tapęs kalvinistu) XVII amžiaus pradžioje perdavė bažnyčią evangelikams reformatams. 1614 metais Holovčinskio pastatyta antroji bažnytėlė toliau buvo palikta evangelikams reformatams. Kilo ginčai su katalikais. Vadovaujami Merkinės klebono kun. Petro Rasmusavičiaus, katalikai po 20 metų jėga atsiėmė Balbieriškio bažnyčią, kleboniją. Po 12 metų užtrukusių teismų tapo tikraisiais jos šeimininkais.

1655 metais rugpjūčio 11 dieną, karo su Maskva metu, Balbieriškį pasiekė rusų caro Aleksejaus Michailovičiaus kariuomenė. Buvo sudegintas dvaras, bažnyčia, miestelis, aplinkiniai kaimai. Išliko tik tie žmonės, kurie pasislėpė miškuose. Laimė – tai truko neilgai ir po 19 metų kunigaikštis Jonas Karolis Čartoriskis ir jo žmona Magdalena Kanopacka paskyrė lėšų naujos, jau trečiosios Balbieriškio bažnyčios statybai. Po keturių metų, apie 1678 metus, trečioji bažnyčia buvo pastatyta. Kiek vėliau joje buvo įrengti 5 brandžiojo baroko stiliaus altoriai, papuošti ornamentiniais drožiniais ir Švenčiausiųjų skulptūromis. 1802 barokinį bažnyčios interjero ansamblį papildė didingi vargonai su tuo metu Balbieriškį valdžiusių Stanislovo ir Liudvikos Tiškevičių herbais. XIX amžiaus antroje pusėje (apie 1870 m.) kun. Baltramiejus Žukauskas aptvėrė bažnyčios šventorių stipria, turinčia trejus vartus, akmenine tvora. Ši tvora išlikusi ir iki šių dienų. Išstovėjusi daugiau kaip 200 metų trečioji bažnyčia paseno, prakiuro stogas, reikėjo statyti ketvirtąją bažnyčią. Didelė dalis senosios bažnyčios interjero įrangos buvo perkelta į Bronislovo Žochovskio projektuotą, dvarininkės Juzefinos Tiškevičiūtės–Vozinskienės, bei kun. Vinco Sakevičiaus rūpesčiu statytą ketvirtąją Švč. Mergelės Marijos Rožancinės titulu konsekruotą dvibokštę medinę bažnyčią. Bažnyčia buvo pastatyta 1888 metais. Santūrių architektūrinių formų, neogotikinio stiliaus pastato viduje buvo išsaugotas vertingas XVII amžiaus pabaigos medžio drožybos ir tapybos kūrinių ansamblis.

125 metus išstovėjusią ketvirtąją bažnyčią 2013 rugpjūčio 8-os naktį sunaikino gaisras. Netekome mums visiems brangios bažnyčios. Keturis su puse metų teko glaustis Balbieriškio kultūros ir laisvalaikio centre, šv. Mišios vyko ir parapijos namų koplytėlėje. Buvo pradėtos rinkti lėšos naujos bažnyčios atstatymui. Aktyviai padėjo Vilkaviškio vyskupija: kunigai, tikintieji, kraštiečiai, visi geros valios žmonės. Iš jau buvusiųjų bažnyčių istorijos žinome, kad vien parapijiečių lėšomis Balbieriškyje bažnyčia niekada nebuvo pastatyta. Jų statybas finansuodavo fundatoriai - turtingi žmonės. Laimei ir šį kartą, tarsi stebuklas, atsirado fundatorius Arvydas Paukštys, kurio dėka galime peržengti šios naujos, penktos Balbieriškio bažnyčios slenkstį. Naujos bažnyčios konsekravimas įvyko 2018 metų kovo 3 dieną. Bažnyčią projektavo architektas Vilius Urbonas.