Gamtos mokykla, paremta aktyvaus mokymosi gamtoje ir iš gamtos koncepcija, įkurta 2001 m. Norvegijos gamtos mokyklų pavyzdžiu. Todėl esame bene pirmoji šioje srityje pradėjusi veikti direkcija Lietuvoje. Tiesa, iš pradžių Gamtos mokyklos samprata apėmė vien tik veiklas, nes patalpų tam neturėjome. Tačiau 2015 m. įrengtos ir tam skirtos patalpos. Nepaisant to, pagrindinė mūsų mokymosi ir pažinimo erdvė visgi yra išskirtinė regioninio parko gamta ir gyvas kontaktas su ja, nors ir po "stogu" veiklos netrūksta, ypač, kai oras nedžiugina. Gamtos mokyklos patalpos puikiai tinka ir ilgalaikėms bei trumpalaikėms stovykloms, konferencijoms, mokymams organizuoti. Direkcijos specialistai veda edukacijas ir žygius, organizuoja gamtosauginius renginius, padeda lankytojams pažinti išskirtines regioninio parko vertybes ir ugdyti ekologinę kultūrą.