Aleksote ir Marvos dvare 1782 m. minimos tik koplyčios. Po Pirmojo pasaulinio karo buvusio Kineriškio (vietinių žmonių vadinamo Kinderiškių) dvaro žemę įsigijo broliai Jonas ir Juozas Vailokaičiai. Kun. J. Vailokaitis dovanojo bažnyčiai sklypą ir 2 hektarus žemės. XX a. 3 deš. pr. minimoje teritorijoje įsikūrė katalikų parapijos komitetas. Jį sudarė to meto Aleksoto gyventojai: Jonas Vailokaitis, Vincas Čivinskas, Antanas Ruseckas, Pranas Nenorta. Jų iniciatyva, gavus vyskupo leidimą, Aleksote buvo įkurta Šv. Kazimiero parapija. 1921 m. iš seno kluono buvo pastatyta nedidelė bažnytėlė, kuri vėliau buvo prailginta, rekonstruota. Bažnyčios statyba rūpinosi kun. J. Vyšniauskas.

Atgavus nepriklausomybę, 1997 m. šalia senosios bažnyčios iškilo modernių archoitektūros formų nauja Šv. Kazimiero bažnyčia (architektas A. Kančas). Šventovės stogas pereina į karūną–karališkąjį simbolį. Bažnyčios interjeras asketiškas. Tai simbolizuoja karališkos kilmės šv. Kazimiero paprastumą, vargstančiųjų šalpą. Jos statyba rūpinosi 15-asis Aleksoto parapijos klebonas mons. Jonas Kavaliauskas (1923–2011), kuris pasižymėjo kunigišku uolumu, įvairiais gebėjimais ir nuoširdžia meile žmonėms.