Muziejaus istorija skaičiuojama nuo 1998 metų, kuomet atsiradus entuziastams buvo įkurtas Vytenio bataliono muziejus. Medžiaga ekspozicijoms, esančioms bataliono muziejuje, buvo renkama palaipsniui. Dauguma eksponatų yra padovanoti žmonių, kiti rasti išminuotojų, tačiau ir patys kariškiai važinėjo bei ieškojo karinės atributikos muziejaus fondui papildyti. Pagrindinis bataliono skiriamasis ženklas - devyniakampė žvaigždė, simbolizuojanti 9-ąjį pėstininkų pulką, viduryje V raidė, Lietuvos didžiojo kunigaikščio Vytenio inicialai. Bataliono kovinė vėliava labai panaši į senąją, tarpukarį 9-ajam pėstininkų pulkui priklausiusią vėliava, kurioje be žvaigždės dar yra ir užrašas "Amžiais už Vilnių dės galvą lietuvis". Muziejuje gausu įvairios spausdintinės medžiagos: žemėlapių, raštų, įsakymų. Vieni svarbesnių raštų, eksponuojamų muziejuje: ministro įsakymas, kuriuo liepiama batalionui perimti anksčiau toje teritorijoje buvusio dalinio vardą bei tradicijas. Taip pat eksponuojami 9-ajame pulke tarnavusių kariškių pasai, dokumentai, įvairūs žmonių liudijimai, knygos. Bataliono muziejuje yra originalus kunigaikščio Vytenio biustas, kuris karo metais buvo išsaugotas ir pabūklas - dar vienas labai įdomus eksponatas. Akį taip pat patraukia žalias dviratis. Tai švedų gaminta priemonė, kuria prieškaryje važinėjo mūsų kariai. Tokie pat dviračiai matyti ir fotografijose, esančiose muziejuje. Tarptautinių operacijų eksponatams yra skirti net du stendai. Juose gausu monetų, aprangos detalių, dokumentų iš Afganistano, Kosovo, Pakistano. Muziejuje eksponuojamos ir monetos, šoviniai, ginkluotės bei amunicijos detalės. Muziejus skirtas supažindinti su Marijampolės krašto karine istorija.