Navininkų vaitas Jokūbas Žytovičius pastatė Bartninkuose koplyčią. Jai 1663 m. dovanojo valaką žemės. 1790 m. Bartninkų Šv. Apaštalų Petro ir Povilo bažnyčia perstatyta iš akmenų mūro, vėliau pristatyti bokštai ir prieangis. Antanas Tyzenhauzas paskyrė 3 valakus žemės ir pinigų mūrinės bažnyčios statybai. Pradėta statyti bažnyčia 10 metų stovėjo be lubų ir stogo. 1783 m. įkurta parapija. Bartininkų dvaro sodybos administratorius kunigaikštis Vincentas Puzinas 1790 m. baigė statyti bažnyčią. XVIII a. pabaigoje veikė parapinė mokykla. 1838 m. paskirtas klebonas Jonas Burdulis-Burdulevičius Bartninkuose išgyveno 48 metus. Jis apie 1855 m. pamaldas pradėjo laikyti lietuviškai, vargonininkui ir zakristijonui liepė prieglaudos gyventojus mokyti lietuviškai skaityti. J. Burdulis rėmė neturtinguosius, savais pinigais remontavo bažnyčią, 1864–1865 m. perstatė bokštą. Bažnyčioje 1915-31 m. klebonavo žinomas knygnešys Juozas Šmulkštys. 1939 m. pastatyti parapijos namai su sale.

1944 m. bažnyčia labai apgriauta. Jai atstatyti valdžia nedavė leidimo. 1945 m. įrengta laikina bažnyčia, o 1950 m. atstatyta medinė.