Šeštokams jau daugiau nei 400 metų, o geležinkelio stotis pastatyta caro laikais. Iš Šeštokų geležinkelio stoties 1941 m. birželio 14-ąją buvo pradėti tremti į Sibirą šviesiausi Lietuvos žmonės. Lietuvos tremtiniams pagerbti skverelyje prie geležinkelio stoties pastatytas kryžius bei paminklas.

Vienas iš geležinkelių mazgo unikalumų – dviejų skirtingo pločio vėžių sankirtos vieta.