Pirmoji koplytėlė Sintautuose pastatyta 1641 m. Vėliau, šiai sudegus, buvo pastatyta kita - medinė, kurioje 1855–1863 m. klebonavo švietėjas, rašytojas ir vertėjas Antanas Tatarė (Totoraitis). Čia yra ir jį menantis muziejus bei koplytstulpis. 1913 - 1922 m. iškilo įspūdinga mūrinė bažnyčia su dviem didingais aukštais bokštais, pagrindinį altorių projektavo skulptorius Vincas Grybas. 1944 m. rugpjūtį artilerijos sviedinys smarkiai apgriovė bažnyčią. Tokia ji išstovėjo ne vieną dešimtmetį. Tuometė valdžia norėjo iš viso likusią bažnyčią nugriauti ir jos vietoje pastatyti ambulatoriją. Tačiau griovimo darbai nesisekė, planai nepasiteisino. 1990 m. prelato A. Maskeliūno iniciatyva pradėti bažnyčios atstatymo darbai. Išties daug žmonių prisidėjo, tai ir staliai, ir vitražistai, skulptoriai, restauratoriai, kiekvienas atidavė dalelę savęs.

Ši bažnyčia - bene aukščiausias statinys Šakių rajone. Kiekvienas bokštas 26 metrų mūro, virš jų 20 metrų smailės ir po 2,7 metro aukščio kryžiai (viso 48,7 m). Aštuoniuose šoniniuose languose šviečia meniški spalvoti vitražai. . Į savo vietą sugrįžo per 1907 metų bažnyčios gaisrą išgelbėta sidabrinė monstrancija, pagaminta 1764 m., XVIII a. aliejumi tapyta drobė "Šventoji Trejybė", XIX a. akmeninė švęsto vandenio saugykla. Prie Šv. Antano statulos kabo Šv.Baltramiejaus ir Šv. Jurgio, prie Švč. Marijos statulos - Šv. Kazimiero ir Palaimintojo arkivyskupo Jurgio Matulaičio paveikslai, kuriuos 1,2 metro aukščio drobėse nutapė Pranas Grušys iš Kauno. Skulptoriaus V.Grybo sukurto altoriaus rekonstrukciją atliko skulptorius Rytas Belevičius ir restauratorė Rūta Čigriejūtė.

Prasmingas klebono Antano Maskeliūno darbas buvo aukštai įvertintas bažnytinės valdžios. 1992 metų kovo 23 dieną jis buvo paskirtas Šakių dekanu, o tų pačių metų liepos 22 dieną jam suteiktas Popiežiaus garbės prelato titulas. 1995 m. į bokštą įkelti išlikę trys senieji varpai, kurie turi savo istorijas. Ant vieno iš jų - 1695 metai. Didysis varpas su data - 1712 metai. Varpai išliko todėl, kad protingų žmonių sunkiu laiku buvo paslėpti. 1995 metų rugpjūčio 26 dieną bažnyčia buvo konsekruota, o šventoriuje pastatyta įspūdinga Vido Cikanos iš Lukšių skulptūra "Atmintis", simbolizuojanti šventovės tragediją ir jos prisikėlimą. Įš Sintautų parapijos yra kilę daug kunigų. Todėl jų įamžinimui yra įrengta net speciali lenta, kurioje įrašytos 47 pavardės.