XVIII a. II pusėje Veiveriuose pastatyta koplyčia. Jos vietoje 1818 m. Fredos dvaro savininkas Godlevskis pastatė medinę bažnyčią, kuri buvo Zapyškio filija. Ją aptarnavo Zapyškio vikarai. 1853 m. Juozapas Godlevskis pastatė mūrinę Šv. Liudviko bažnyčią, kurią 1887 m. konsekravo Seinų vysk. Juozapas Oleka. 1846 m. Veiveriams suteiktos parapijos teisės. Mūrinė bažnyčia yra savotiškų proporcijų Neorenesanso pastatas su dominuojančiu plačiu bokštu ant palyginti siauro fasado.

1934 m. Veiverių bažnyčią atnaujino kun. M. Krupavičius su parapiečiais. Begriūnančio bokšto vietoje buvo pastatytas naujas bokštas, pati bažnyčia padidinta, sutvirtintos lubos, perdėtos grindys, išpuoštas bažnyčios vidus.