1941 m. birželio 30 d. suimtieji Vilkaviškio žydų vyrai buvo suvaryti į buvusios Vilkaviškio seminarijos pastatą. 1941 m. liepos 14 d. žydai perkelti į kareivines. Liepos pabaigoje suimtieji žydai buvo vedami į netoli kareivinių esantį poligoną, kur per tris dienas iškasė apie 25 metrų ilgio ir kelių metrų gylio griovį. Liepos 28 d. suimtieji buvo išvesti į kareivinių kiemą ir suskirstyti į kelias grupes. Netrukus atvažiavo du sunkvežimiai su vokiečių gestapininkais. Iš miesto kalėjimo į kareivines taip pat buvo atvežta nemaža grupė lietuvių komunistų ir komjaunuolių. Lietuvių policininkai suimtuosius grupėmis vesdavo prie poligone esančio griovio. Pasmerktuosius šaudė atvažiavę vokiečių kareiviai. Lietuvių policininkai saugojo kareivines ir šaudymo vietą poligone. Žudynės truko 3-5 val. Tą dieną buvo sušaudyta apie 500-600 žydų, 60-70 lietuvių komunistų ir sovietinių aktyvistų.

1941 m. lapkričio 15 d. buvo sušaudyti paskutiniai Vilkaviškio žydai. Vokiečių saugumo policijos ir SD vado K. Jägerio raporte pažymėta, jog tą dieną Vilkaviškyje buvo nužudyta 115 žydų (36 vyrai, 48 moterys ir 31 vaikas). 1942 m. pradžioje lietuvių policija sulaikė 12 žydų. Kai K. Jägeriui buvo pranešta, kad Vilkaviškyje vis dar yra žydų, jis įsakė nedelsiant juos sunaikinti. Tarp aukų buvo 2 vaikai, 1 moteris ir 7 vyrai. Likusios dvi moterys, turėjusios katalikiškus krikšto pažymėjimus, buvo paleistus.