Praeityje Vinkšnupiai garsėjo čia gyvenusiais totoriais, turėjusiais net ir savo mečetę (totorių kapinės su išlikusiais originaliais antkapiais – visai netoli dvaro). Teigiama, kad kitados Vinkšnupiai buvo padovanoti vienam totorių karo vadui Temir-Tuhan-bejui, kuris lietuvių pusėje kovėsi Žalgirio mūšyje. Vedė lietuvę Baranauskaitę ir pasivadino Tuhan-Baranauskas (Baranowski). Kiti šaltiniai teigia, kad "kažkuris jo įpėdinis vedė vietos dvarininkaitę, lietuvaitę Baranauskaitę". Kai kuriuose tyrinėjimuose teigiama, kad čia XVI a. jau stovėjo mečetė. Vinkšnupių dvaro įkūrimo pradžia reikėtų laikyti XIX a. pr. Naujiesiems dvarininkams klestėti sekėsi neilgai, nes Napoleonas panaikino baudžiavą. Vis tik didžioji dalis vinkšnupiečių, būdami vienos tautybės, neišsivaikščiojo ir nuėjo į dvarą tarnauti samdiniais.

1821 – 1824 m. imamo Mustafos Bazarevskio prašymu vietos musulmonai aukojo medieną, pinigus, už kuriuos netrukus kapinėse pastatė mečetę, seniau nugriautos ar savaime nuvirtusios šventyklos vietoje. Šis imamas tuo metu valdė ir Vinkšnupių dvarą. Nemaža dalis aukų buvo skirta imamo namui pastatyti. Manoma, kad dokumente kalbama ne apie dvaro, bet kito gyvenamojo namo statybą. Tai buvo vienintelė medinė mečetė Lenkijos Karalystėje.

Po generolo Baranausko mirties jo dvarai, palivarkai ir kitos valdos atiteko sūnums Motiejui, Salichui, Eljašui, Mustafai ir Abramui. 1838 m. Lenkijos karalystės potvarkiu Vinkšnupiai atiteko Salichui, kurio vienintelis sūnus Samuelis tapo 1863 m. sukilimo dalyviu. Neaišku, kaip dėl to jis nukentėjo, bet Baranauskai neteko valdžios ir suirutės metu dvare tvarkėsi Tomas Volskis. Vilkaviškio klebonas Juozas Zenkevičius, už jo ištekinęs savo dukterėčią, pats kaip "kraitį" perėmė dvaro valdymą. 1884 m. Vinkšnupių dvarui priklausė Margiai (dar kitaip Vaišvilai) ir Alksninė (lenkiškai Olszyna). Jo teritorija užėmė 925 margus (1 senasis lenkiškas margas prilygo 55 arams), iš kurių 389 – dirbama žemė, 135 – pievos, 19 – nenaudojamos žemės, 11 – miškas ir kt. Dvarui priklausė du mūriniai ir 13 medinių pastatų. Kunigas J. Zenkevičius irgi ilgai negalėjo disponuoti dvaru, nes jau buvo pagarbaus amžiaus (gimė 1790 m.). Matyt, iš save lenkais vadinusių Volskių Vinkšnupius perėmė totoriai.