Virbalio gyventojai liuteronai minimi nuo 1614 m. 1731 m. iš Zalcburgo atsikėlę vokiečiai įsteigė bendruomenę. 1807 m. daržinėje įvyko pirmosios Virbalio evangelikų liuteronų pamaldos. 1833 m. oficialiai įkurta Virbalio evangelikų liuteronų bendruomenė. Pirmieji maldos namai įrengti nupirktame mūriniame name. 1940 m. evangelikų liuteronų bažnyčia buvo paversta grūdų sandėliu. 1994 m. kovo 8 d., Virbalio mokykloje įvyko pirmosios parapijos atkūrimo pamaldos. 2000 m. balandžio 24 d. buvo laikomos Virbalio evangelikų liuteronų bažnyčios atstatymo darbų pašventinimo pamaldos.