Beržėnų gyvenvietė istoriniuose šaltiniuose minima nuo XV a. Žemaičių pakamariui (teismo valdininkui) Stanislavui Šemetai 1610 m. parduodant Beržėnų ir Šaukėnų valdas Mstislavo ir Radomo seniūnui Petrui Pacui buvo sudarytas inventorius, kuriame Beržėnai aprašomi kaip senų, gana apnykusių gyvenamųjų ir ūkinių pastatų kompleksas. Apie 1695 m. Beržėnai ir Šaukėnai buvo parduoti Vilhelmui Korfui, vėliau juos valdė Mikalojus Korfas, 1717 m. - Aleksandras Korfas. 1722 m. Beržėnų valdos savininkas - Pranciškus Nagurskis. Nuo XVIII a. vid. iki XIX a. vid. (pagal moterišką liniją ir iki XX a. 4-to dešimtm.) Beržėnai priklausė Gorskių giminei. 1847 m. Ipolito ir Barboros Šemetaitės Gorskių duktė Stanislava, ištekėdama už dvarininko ir dailininko Adolfo Čapskio, Beržėnų dvarą gavo kaip kraitį. Laikotarpyje tarp 1847 m. ir 1875 m. funduojant A. Čapskiui buvo pastatyti naujieji Beržėnų dvaro rūmai, A. Čapskis prisidėjo ir prie naujo parko kūrimo. 1885-1887 m. dvaro rūmai rekonstruoti, darbams vadovavo architektas Karolis Lorensas. Dvaro pastatų ir parko rekonstrukcijos bei statybos darbai vyko iki pat XIX a. pab. ir tai tapo viena iš Čapskių prasiskolinimo priežasčių. 1902-1903 m. dvarui paskelbtas bankrotas. Dvarą nupirko Stanislovo Čapskio pusbrolis Mykolas Oginskis, tačiau S. Čapskis liko dvaro valdytoju. I pasaulinio karo metu rūmai nenukentėjo. Dvaro koplyčios rūsyje buvę palaidoti Ipolitas (1791-1836) ir Barbora (1803-1899) Gorskiai, jų dukra Stanislava (apie 1820-1878) su vyru Adolfu Čapskiu (apie 1820-1883), S. ir A. Čapskių vaikai Henrikas, Adolfina, Stanislovas bei anūkai. 1940 m. dvaras buvo konfiskuotas, koplyčia išplėšta. 1946 m. išniekinti palaikai slapta pergabenti ir perlaidoti Šaukėnų bažnyčios šventoriuje. Po II pasaulinio karo rūmuose kurį laiką veikė ūkio kontora, gyveno žmonės, tačiau nuo 1950 m. pastatas buvo apleistas, pradėjo griūti, sunyko parkas, naudojami liko tik ūkiniai pastatai. Nuo 1980 m. dvaro pastatai priklausė Šiaulių autobusų parkui, juose kurį laiką veikė sveikatingumo centras.