Sakoma, kad Bubių gyvenvietės pavadinimas atsiradęs dėl aplinkiniuose miškuose gausiai gyvenusių didelių paukščių - kurtinių, kurie savo baubsėjimu visoje apylinkėjė keldavę triukšmą. Dėl to kurtinys yra pavaizduotas šiuolaikiniame Bubių herbe. Archeologinių tyrinėjimų duomenimis, Bubiuose gyventa jau V a. Bubių piliakalnis (Pilalė) suvaidino svarbų vaidmenį žemaičių kovose su kryžiuočiais. XIII a. ant jo stovėjo viena iš stipriausių Šiaulių žemėje Dubysos pilis (vok. Dobitzen).
1236 metų vasarą pilį nesėkmingai bandė užimti Saulės mūšyje sumušti kalavijuočiai.Įgulos pasipriešinimas padėjo kunigaikščiams Bulioniams pasivyti ir galutinai sunaikinti priešus prie Mūšos upės. 1348 ir 1358 metais didelės Ordino kariuomenės pajėgos Dubysos pilį sudegino. Žinių apie LDK epochos Bubius beveik nėra. Šaltiniai nurodo, kad 1566 metais čia buvo Aukštelkų valsčiaus viensėdija. Dvaras Bubiuose pradėjo formuotis, kai Rusijos imperatorė Jekaterina IIvisą Šiaulių ekonomiją padovanojo savo meilužiui grafui Platonui Zubovui. Šiam mirus, dvarą paveldėjo jo brolis Dimitrijus Zuvovas, vėliau - pastarojo sūnus Nikolajus. 1825 m. pradėtas statyti Dubysos-Ventos perkasas. Šio sudėtingo hidrotechninio įrenginio statyba nulėmė Bubių ekonominį pakilimą. Nedidelis kaimas išaugo į dvaro ūkinį centrą (palivarką), buvo nutiestas pašto kelias į Šiaulius, pastatytas tiltas per Dubysą, beveik įrengtas žiemos uostas. Tačiau darbus užbaigti sutrukdė 1831 m. sukili- mas. Sukilėliai Bubiuose telkė jėgas Šiaulių šturmui.
N. Zubovo sūnus Dmitrijus savo lėšomis atidarė pradžios mokyklą, kurioje buvo mokoma lietuviškai, našlaičių prieglaudą. D. Zubovo valdymo metais Bubių dvaro ūkis buvo perorientuotas į gyvulių auginimą, įsteigtos gyvulininkystės ir pienininkystės mokyklos. Dvare taip pat veikė lentpjūvė, plytinė, spirito varykla. Bubiuose iškilo pirmasis Lietuvoje siloso bokštas. 1903 m. Bubiuose surengta Didžioji Šiaulių gegužinė - pirmasis neformalus lietuvių inteligentų suvažiavimas, kuriame buvo diskutuojama dėl visos tautos likimo. Jame dalyvavo P. Višinskis, Žemaitė, J. Jablonskis, M. Biržiška, J. Tumas-Vaižgantas, J. Biliūnas, A. Janulaitis ir kt. Gegužinių tradicija Bubiuose gyvavo daugiau kaip pusę amžiaus.
