Glitiškių dvaras rašytiniuose šaltiniuose minimas nuo XVI a. pradžios. 1504 m. jis priklausė Ivaškevičiams, o vėliau Čižams. 1593 m. iš Mato Čižo dvarą nupirko Melchioras Petkevičius, o 1647 m. iš Juozo Petkevičiaus jį įsigijo Kupiškio seniūnas Vilhelmas Tyzenhauzas. 1718 m. iš Jurgio Tyzenhauzo Glitiškės pateko į Stanevičių rankas, po to atiteko Ašmenos statybininkui Jonui Hutorovičiui, kuris 1756 m. dvarą pardavė Mozyriaus pavieto pakamariui Mykolui Jelenskiui. Jelenskių giminė Glitiškių dvarą valdė iki Antrojo pasaulinio karo. Dvaras rusų kariuomenės išgrobstytas per Pirmąjį pasaulinį karą. Per nacių okupaciją Glitiškių dvarą administravęs vokiečių okupacinės valdžios paskirtas V. Komaras maistu ir pašaru aprūpindavo Armijos Krajovos partizanus. 1944 m. birželio 20 d. šie surengė pasalą lietuvių savisaugininkams, kurių kuopa buvo dislokuota Paberžėje, 5 km nuo kaimo, 2 iš jų nukovė, 2 sužeistus nužudė. Į Glitiškes atvykęs savisaugos kuopos vadas Polekauskas įsakė sušaudyti Glitiškių dvaro darbininkų šeimą, nurodžiusią Armijos Krajovos partizanams, kur slepiasi sužeistieji; jo įsakymu nužudyta ir daugiau Glitiškių dvaro gyventojų, buvo sulaikytas ir sušaudytas dvaro administratorius W. Komaras. 1944 m. birželio 20 d. civilinių žmonių žudynės Glitiškėse buvo bene vienintelis atvejis, kai lietuvių karinis dalinys per nacių okupaciją neišlaikė lenkų ir lietuvių santykių įtampos, kilusios dėl Armijos Krajovos antilietuviškos veiklos, lietuvių terorizavimo Rytų Lietuvoje. Vokiečių okupacinės valdžios teismo nuosprendžiu Polekauskas buvo sušaudytas. Paskutinio dvaro savininko Kazimiero Jelenskio likimas tragiškas - 1943 m. žuvo nacių koncentracijos stovykloje Osvencime. Rūmuose pokariu buvo įsikūrusi mokykla, šiuo metu jie priklauso Vilniaus rajono savivaldybei, juose veikia biblioteka. Kiti pastatai, išskyrus oficiną ir spirito raugyklą, privatizuoti, dalis jų sunykę.