Pirmą kartą istoriniuose šaltiniuose Jotainių dvaras paminėtas 1564 m. Nuo XVI a. iki XX. a. vid. dvarą valdė Šiukštų, Belozarų (Bialozorai), Lukianskių ir Zavišų bajorų giminės. Teigiama, kad XVIII a. I p. Šiukštos rūpesčiu dvare buvo įrengta koplyčia, kurioje pamaldas laikė dvaro kapelionas. Vėliau koplyčia buvo nugriauta. Pijorų vizitatoriai savo ataskaitoje mini, kad 1789 m. Jotainiuose Lukianskio dvare veikė mokykla. Po Lukianskių dvarą valdė Zavišų giminė. Iš Michailo Zavišos dvarą paveldėjo sūnus Juozapas, vėliau 1835 m. - Juozapo sūnus Aleksandras Jonas Zaviša (1813-1895). Po Aleksandro Jono mirties dvaras atiteko sūnui Kazimierui Ipolitui. 1922 m. įgyvendinant žemės reformą, per kurią buvo sumažintos Jotainių dvaro valdos, įkurtas Vainorių kaimas. 1940 m. dvarui priklausė 80 ha žemės. Prasidėjus sovietinei nacionalizacijai, dvaro savininke minima Kazimiero Ipolito duktė Kristina Zavišaitė. Išlikusios senosios dvaro kapinės PV teritorijos dalyje su antkapinėje lentoje iškaltu Zavišų giminės reljefiniu herbu ir įrašu.

Šiuo metu čia įsikūrę jotainių socialinės globos namai.