Klaipėdos pilis visuomet buvo svarbiausia miesto dalis. Nuo pilies prasidėjo miesto statybos, bastionai saugojo Klaipėdą nuo priešų. Pirmą kartą Klaipėdos pilis minima 1252 m. liepos 29 d. dokumente, kuriame didysis magistras Eberhardas fon Zeine sutaria su Kuršo vyskupu Heinrichu pastatyti pilį tarp Nemuno ir Danės. Klaipėdos miestas pradėjo vystytis Danės upės Pietiniame Rage pastačius medinę pilį. Vokiečiai manė, jog marios - tai Nemuno, jų vadinamo Memeliu, šaka, todėl pilis buvo pavadinta Memelburgu.

Medinė pilis buvo pastatyta klampioje vietoje, todėl 1253 m. dešiniajame Danės krante iškilo mūrinė aptvarinio – gardinio tipo pilis. Pilies kieme stovėjo mūriniai ir mediniai pastatai, o sienas saugojo grioviai, pylimai ir palisados. XIV-XV a. Klaipėdos piliai teko atlaikyti gausius žemaičių ir lietuvių antpuolius, todėl ji daug kartų buvo deginama ir atstatoma. Svarbiausia, kad XV a. Klaipėdos pilis buvo sutvirtinta taip, kad galėjo gintis nuo šaunamojo ginklo. Pilies gynybinę sistemą sudarė bokštai, gynybinė siena, grioviai bei pylimai su gynybiniais statiniais. XV a. Klaipėdos pilis savo architektūra mažai kuo skyrėsi nuo kitų ordino pilių: masyvūs mūrai buvo pagyvinti ornamentais, kontraforsų eilėmis, dantytomis gotikinio raudonų plytų mūro sienomis.

XVI a. tobulėjant artilerijai, senoji pilies gynybinė sistema tapo netinkama, tad 1516 –1519 m. Klaipėdos pilis buvo sustiprinta žemių pylimais su bastėjomis, o 1538 - 1550 m. – kapitališkai perstatyta. Rekonstruota pilis buvo netaisyklingo kvadrato formos su penkiais bokštais. Šiauriniame pilies kampe stovėjo cilindrinis septynių aukštų Didysis bokštas, vakariniame – Didysis parako (arsenalo) bokštas, prie vartų ir kitų korpusų kampuose stovėjo cilindriniai Kurfiursto, Mažasis parako bokštai. Prie vidinių ir išorinių pilies sienų buvo pristatyti gyvenamieji ir ūkiniai korpusai.

XVII a. Klaipėdos pilį puolė švedai, nuniokojo keli gaisrai, tad pilies gynybinę sistemą vėl teko atstatyti ir tobulinti. Taip 1686 m. žemių pylimai aplink Klaipėdos pilį buvo rekonstruoti į bastionus. Paskutiniai Klaipėdos pilies ir miesto fortifikacijos darbai vyko Septynerių metų karo (1756 – 1763) metais. Po šio karo pilis prarado karinę reikšmę ir buvo pamažu apleista. 1770 m. imta pardavinėti ir naikinti išorinius pilies įtvirtinimus, o pastatus naudoti miesto reikmėms. Laikui bėgant, neremontuojami pilies mūrai pradėjo griūti. 1872 – 1874 m. buvo nugriauti paskutiniai pilies pastatai. XX a. pradžioje dalis pilies kanalų buvo užkasta. Piliavietės teritorija buvo priskirta laivų remonto įmonei ir tapo atskirta nuo miesto. Ilgus metus pašaliniams čia nebuvo galima patekti.