Bažnyčios projektą 1926 m. sudarė ir statybai vadovavo klebonas, žinomas istorikas, kraštotyrininkas Jonas Reitelaitis (1884–1966). Tai vienintelis žinomas kunigas, kuris Lietuvos tarpukariu suprojektavo ir vadovavo bažnyčios statybai. Kad būtų patvirtintas projektas, jį turėjo pasirašyti diplomuotas architektas. Savo parašą sutiko padėti Vytautas Žemkalnis. Galbūt jis projektą kiek pakoregavo.

Bažnyčia – unikalios architektūros sakralinis pastatas, netradicinė, savito plano, neįprastos fasado proporcijos, neogotikinių elementų. Unikali statinio plastika sukurta siejant liaudies ir profesionalios architektūros tendencijas. Autorius originaliai interpretavo neogotikos formas ir panaudojo tuo laikotarpiu populiarius tautinio stiliaus elementus. Bažnyčios viduje – kuklus, be puošybos didysis altorius. Bažnyčia didelė ir labai jauki. Atrodo lyg išnyranti iš žemės su dviem dideliais bokštais frontone ir mažu bokšteliu gale, priešais zakristiją. Viename iš didžiųjų bokštų yra varpinė. 153 kilogramus sveriantį varpą nupirko kaimo jaunimas. Krikštonių bažnyčios šventoriuje palaidotas J. Reitelaitis.