Pirmąją medinę bažnyčią 1644 m. pastatė Stanislovas Vaina (buvo Plungės parapijos filija). Jai dovanota 15 valakų žemės. 1750 m. pastatyta nauja bažnyčia, 1790 m. – mūrinė klebonija. 1776 m. įkurta parapija. Nuo 1804 m. veikė parapinė mokykla. 1806 m. įsteigta altarija. Kulių bažnyčia garsėjo Švč. Marijos paveikslu (įsigytas iki 1693 m.). Parapijiečiai manė jį esant stebuklingą.

Klebonija buvo virtusi draudžiamos lietuviškos spaudos platinimo centru. V. Jarulaičio rūpesčiu 1900 m. pastatyta dabartinė mūrinė bažnyčia (Karlo Eduardo Strandmano projektas). Klasicistinio stiliaus bažnyčia parapijai nepatiko, todėl pristatytas bokštas, kurio projekte nebuvo. 1918 m. bažnyčią konsekravo vyskupas Pranciškus Karevičius.

2006 m. po mūriniais statiniais, priklausiusiais bažnyčiai, archeologai aptiko didžiulius rūsius su židiniais, taip pat siauras, į tunelius panašias angas. Būta ir šildymo sistemos – iš virtuvės pastato rūsiuose esančių židinių dūmtraukiai suvesti į vieną didžiulį kaminą. Skliautuoti rūsiai primena nedideles menes, o viena į tunelį panaši niša atsiremia į pamatą. Šių statinių istorinė praeitis ir požemių paskirtis neaiški.

Bažnyčia klasicistinė, su 6 kolonų portiku ir istoristiniu bokštu, stačiakampio plano. Ažūrinė šventoriaus tvora plytų mūro. Jame stovi medinė penkiakampė varpinė.