Labūnava pirmą kartą paminėta kryžiuočių kronikose 1364 metais. Labūnavos dvaras žinomas nuo XVI amžiaus. Dvarvietė XIX amžiuje priklausė dvarininkams Zabieloms, kurie pastatė puošnius rūmus, užveisė parką ir sodą. Rūmai neišlikę. Nuo seniausių laikų Labūnavos dvaro teritorijoje buvo išlikę bokštai su storomis 1 m storio ir 6 m aukščio mūro sienomis. Jų viduje buvo trijų aukštų patalpos. Po karo, Lietuvos laisvės gynėjai buvo įsikūrę viename iš geriausiai išlikusių bokštų. Rusų kariuomenei puolant bokštą penki gynėjai žuvo.