Pasakojama, kad senovėje dvare gyvenę trys broliai kalvinai. Nuo rūmų į bažnyčią broliai buvo nutiesę geležinį tiltą, kuriuo važiuodavę į bažnyčią, pasikinkę meškas. Tas pasakojimas panašus į legendą. Žinoma, kad Lapių dvaras 1591 m. priklausė Krokuvos kaštelionui S. Bonarui. 1620 m. dvaras - jau Valatkevičių nuosavybė. Vėliau dvarą valdė Žemaitijos seniūnas ir Vitebsko kaštelionas Jonas Alfonsas Lackis, kuris čia buvo pasistatęs pilies formos rūmus. Jie galėjo būti sugriauti per 1655–1661 m. karą su Rusija ir Švedija ir jau nebeatstatyti. 1740 m. minimi dvarininkai Chelkovskiai. Iš jų 1781 m. dvarą pirko Kauno pavieto rotmistras D. Tiškevičius. Pačioje XVIII a. pabaigoje dvarą valdė J. Sivickis, XIX a. - R. Ratautienė, G. Sakalauskas. Tarpukariu Lapių dvarą įsigijo Kauno burmistras, paskutinis tarpukario nepriklausomos Lietuvos premjeras Antanas Merkys. Šiuo metu išlikę mūrinių dvaro rūmų griuvėsiai.