Mažeikių muziejuje saugomi ir eksponuojami Žemaitijos krašto istorijos, archeologijos, etnografijos, bei liaudies meno kūriniai. Svečius pasitinka ekspozicija – "Mažeikių kraštas: tarp kuršių, žiemgalių ir žemaičių", skirta kuršių, žiemgalių ir žemaičių, kultūros paveldui pažinti. Lankytojams susipažinti su muziejaus fonduose saugomais pavieniais eksponatais ir jų kolekcijomis nuolat ruošiamos keičiamosios parodos, organizuojami dailininkų plenerai, simpoziumai, konferencijos, edukacinės programos, vykdomos daugiadienės ekspedicijos po Mažeikių rajoną, rengiami projektai.