Etnografinis gatvinis kaimas susikūrė XVI a. II pusėje, per Valakų reformą. Minimas nuo XVIII a. pradžios. Iki baudžiavos panaikinimo priklausė Gelvonų dvarui. 1847 m. buvo 16 sodybų ( iš jų – 12 baudžiauninkų, 3 – daržininkų ir viena – laisvo žmogaus). XX a. pradžioje kaimas išsiplėtė (27 sodybos). Po Antrojo pasaulinio karo sumažėjo ūkinių trobesių, dalis jų buvo perstatyta, daug nugriauta.

Išliko XVI a. vidurio valakiniam kaimui būdingas gatvinis rėžinis planas su XIX a.- XX a. pirmos pusės etnografinėmis sodybomis ir pavieniais pastatais. Gatvinėse dvipusėse sodybose pirkios ir svirnai statyti galu į gatvę, už jų – tvartai, kitapus gatvės – kluonai (neišliko). XXI a. pradžioje kaimas apnykęs.

Dvidešimt dviejų sodybų gatvinis Mikalajūnų kaimas įrašytas į kultūros vertybių registrą.