Pastatui, kuriame įkurtas Okupacijų ir laisvės kovų muziejus (anksčiau - Genocido aukų muziejus), daugiau nei 100 metų. Jo istorijoje atsispindi sudėtingi XIX a. pabaigos–XX a. pradžios Lietuvos istorijos įvykiai. Priminsime, kad nuo XVIII a. pabaigos Lietuva buvo Rusijos imperijos dalis. Lietuvos vardas buvo visiškai ištrintas ne tik iš pasaulio žemėlapio – jo neliko ir administraciniame Rusijos suskirstyme. Lietuvos teritorija buvo padalyta į keletą gubernijų, kurias sudarė ne tik lietuviškos žemės. Pastatas, kurio istoriją aptariame, kaip tik ir pastatytas 1899 m. vienos iš Rusijos imperijos gubernijų, būtent Vilniaus, teismams. Pastatą projektavo architektas Michailas Prozorovas ir inžinierius Leonidas Vineris, vadovaudamiesi akad. Vasilijaus Prusakovo eskizais.

Projektavimo darbai buvo pradėti 1888 m. Projektas ilgai derintas su V. Prusakovu, o galutinai parengtas 1890 m. Statybos darbai pradėti 1897 m. pavasarį ir per porą metų baigti. 1899 m. spalio 13 d. pastatas iškilmingai pašventintas. Tačiau naujieji rūmai, bent jau lietuvių tautai, netapo teisingumo simboliu. Iki pat nepriklausomybės atkūrimo 1990 m. kovo 11 d., net ilgiau – kol po 1991 m. rugpjūčio pučo sužlugo Sovietų Sąjunga, jame beveik visą laiką veikė vienos ar kitos okupacinės valstybės įstaigos.

1899–1915 m. – Rusijos imperijos Vilniaus gubernijos teismo rūmai. Manoma, kad tuo laikotarpiu, 1914–1915 m., buvo pastatytas priestatas prie Aukų gatvės. Jo statybos dokumentų neišliko. Žinoma tik tai, kad 1914 m. pavasarį buvo ieškoma rangovų priestato statybai, ir tai, kad 1923 m. pastato plane priestatas jau pažymėtas. Kaip tik jame ir įsikūręs Genocido aukų muziejus.

1915–1918 m. – vokiečių okupacinės valdžios įstaigos.

1918 m. lapkritis–gruodis – Lietuvos kariuomenės savanorių šaukimo punktas, Vilniaus miesto komendantūra. Žlungant Rusijos ir Vokietijos imperijoms, dar 1917 m. visos tautos išrinkta Lietuvos Taryba 1918 m. vasario 16 d. Vilniuje paskelbė atkurianti nepriklausomą valstybę. Tačiau nepriklausomybę teko apginti aršiose kovose su išorės ir vidaus priešais, pirmiausia – su Rusijos remiamais bolševikais. Imta kurti Lietuvos kariuomenę, kurios savanorių šaukimo punktas ir Vilniaus miesto komendantūra įsikūrė teismo rūmuose (tuomet jų adresas buvo Jurgio pr. 36).

1919 m. sausis–1919 m. balandis – bolševikinės V. Kapsuko vyriausybės komisariatai, revoliucinis tribunolas. Vos įsikūrusi Lietuvos kariuomenė neįstengė apginti Vilniaus nuo puolančių bolševikų, remiamų Raudonosios armijos. Rytinėje Lietuvos teritorijos dalyje keliems mėnesiams įkuriama vadinamoji Lietuvos sovietų respublika.

1920–1939 m. – lenkų okupacinės valdžios teismai. 1920 m. Vilnių ir Vilniaus kraštą užgrobė Lenkija. Iki pat 1939 m. rudens čia veikė Vilniaus vaivadijos teismai. Lenkų valdymo metais, 1929–aisiais, buvo pastatytas priestatas prie dabartinės Vasario 16-osios gatvės. Nuo tada didesnių pastato pertvarkymų nebebuvo.

1940 m. ruduo – 1941 m. birželis – NKVD Vilniaus valdyba, jos tardymo kalėjimas, nuo 1941 m. pavasario – ir NKGB. 1940 m. birželio 15 d. Lietuvą okupavus Sovietų Sąjungai, prasidėjo masinės represijos – buvo suimami, žudomi, tremiami okupantams įtartini ar neįtinkantys piliečiai. Jiems persekioti ir naikinti buvo kuriamos atitinkamos žinybos, plečiamas kalėjimų ir areštinių tinklas. 1940 m. rudenį pastate įsikūrė sovietų represinės institucijos, pastato pusrūsyje buvo įrengtas kalėjimas.

1941–1944 m. – vokiečių slaptosios saugumo policijos (gestapo) ir SD būstinė, jos kalėjimas, Vilniaus ypatingojo būrio (vok. Sonderkommando), vykdžiusio akcijas prieš žydus ir kitus Lietuvos gyventojus, kareivinės. Nacių okupacijos laikotarpis – vienas juodžiausių Lietuvos istorijoje, nes per tuos metus Lietuvoje buvo nužudyta apie 200 tūkst. žydų; nuo nacių nukentėjo ir per 45 tūkst. kitų tautybių žmonių. Dabar ant 3-iosios kameros sienų atidengti 1942–1944 m., kai pastate šeimininkavo gestapas, kalinių įrašai. Nors čia kalėjo įvairių tautybių žmonių, įrašai daugiausia lenkiški.

1944–1991 m. – NKGB (MGB, KGB) Lietuvos SSR padalinys ir vidaus kalėjimas, 1959 m. pavadintas tardymo izoliatoriumi.

Dabar pastate yra įsikūrusios net kelios institucijos: Okupacijų ir laisvės kovų muziejus, Lietuvos ypatingasis archyvas, kuriame saugomi buvusio KGB archyvo dokumentai, Lietuvos gyventojų genocido ir rezistencijos tyrimo centras ir teismai.

Okupacijų ir laisvės kovų muziejaus požeminiame aukšte buvo įrengtas KGB vidaus kalėjimas ir Šaudymo kamera.

Jau 1940 m. rudenį buvusiuose Teismų rūmuose įsikūrė NKVD Vilniaus valdyba, o pusrūsyje buvo įrengtas kalėjimas – tardymo izoliatorius. Eksponuojamos kameros išliko tokios, kokios buvo rastos 1991 m. rugpjūčio mėn. nutraukus KGB veiklą Lietuvoje. Žinoma, dabar jos toli gražu nėra tokios, kokiose kankinosi 1940–1941 ar 1944–1948 m. kaliniai. Kalėjimas ne kartą buvo perdažomas, remontuojamas (atidengta net 18 dažų sluoksnių), mažinamas kalinimui skirtų kamerų skaičius (iš daugiau kaip 50 kamerų 1964 m. liko 23, dar vėliau – 19). Vis dėlto jo niūrūs, šalti požemiai leidžia bent iš dalies įsivaizduoti čia kalintų žmonių dalią.

Šaudymo kamera. KGB centrinės būstinės pusrūsyje įrengtoje šaudymo kameroje nuo 1944 m. pabaigos iki septintojo dešimtmečio pradžios buvo nužudyta daugiau kaip tūkstantis žmonių. Apie trečdalis jų sovietinių teismų arba vadinamosios "trijulės" mirties bausme buvo nuteisti už dalyvavimą antisovietiniame pasipriešinime.

Tiksliai nežinoma, kada šiame pusrūsyje sušaudytas paskutinis pasmerktasis. Archeologinių tyrimų metu rasta laikraščio skiautė (nustatyta, kad tai 1962 m. lapkričio 1 d. "Vakarinės naujienos") leidžia spėti, kad tuo metu kamera buvo rekonstruojama, bet ar jau tada pakito jos funkcija, nežinoma. Septintajame ar aštuntajame dešimtmetyje vietoj šaudymo kameros įrengtos stalių dirbtuvės.

Archyvinių dokumentų apie mirties bausmės vykdymą išliko labai nedaug. Žinoma, kad egzekucijas vykdė saugumiečių sudaryta ir griežtai įslaptinta speciali grupė, priklausiusi vadinamajam "A" skyriui, o budelio pareigas 1944–1947 m. atlikdavo ir pats vidaus kalėjimo viršininkas (nuo 1945 m. gegužės mėn. – pavaduotojas) pplk. V. Dolgirevas. Tais metais per naktį būdavo nužudoma net iki 45 nuteistųjų. Po egzekucijos nužudytųjų palaikai būdavo sukraunami toje pačioje patalpoje įrengtame sandėliuke, o vėliau sunkvežimiu išvežami į užkasimo vietą. 1944–1947 m. sušaudytų 767 žmonių palaikai buvo užkasti beveik miesto centre – Tuskulėnuose.

Kur užkasti sušaudytų po 1950 m., kai Sovietų Sąjungoje vėl buvo įvesta mirties bausmė, žmonių palaikai, tiksliai nežinoma. Manoma, kad maždaug 30 km spinduliu apie Vilnių yra ne viena iki šiol nežinoma kapvietė. Vienoje jų turėtų būti ir 1957 m. šaudymo kameroje sušaudyto A. Ramanausko-Vanago palaikai.

Kol kas ištirta tik viena – Tuskulėnų kapvietė. Joje buvo surasti 724 žmonių palaikai: 720 vyrų, 4 – moterų. 45 asmenų palaikai identifikuoti. Tyrimo duomenys atskleidė, kaip buvo žudoma ir kaip elgtasi su palaikais.

Ekspozicija buvusioje šaudymo kameroje atidaryta 2000 m. birželio 24 d. Čia eksponuojami Tuskulėnuose ir pačioje šaudymo kameroje rasti daiktai, taip pat nuotraukos ir dokumentai iš archyvinių bylų, muziejaus rinkinių.