Istoriniuose šaltiniuose Pajūrio valsčius imtas minėti nuo 1514 m. XVI a. pab. dabartinio Pajūrio vietoje buvo keletas privačių bajorų valdų. 1571 m. Magdalena ir Jonas Rimkai (Rimkevičiai) įdukrino merginą Kristiną ir dovanojo 2 dalis Pajūrio dvaro tarp Jūros ir Lokystos. Nuosekliai išsiaiškinti dabartinio Pajūrio dvaro raidos nepavyko. 1775 m. Pajūrio dvaras priklausė Gardino apskrities maršalkai Juozapui Valavičiui. 1779 m. testamentu J. Valavičius Pajūrį paliko sūnui, LDK majorui Mykolui Valavičiui.

1854 m. Pajūrio dvarą nusipirko Kauno gubernijos maršalka Adolfas Čapskis, tačiau 1859 m. pardavė Jonui Povstankskiui. Naujasis savininkas Pajūryje pastatė spirito varyklą, plytinę. 1881 m. Pajūrio dvaro savininke nurodyta jo žmona Evelina Povstanskienė. Jai mirus 1897 m., keturi jos sūnūs pasidalino turtą - Pajūrio dvaras atiteko Mauricijui Henrikui Gustavui Povstanskiui. 1908-1910 m. M. Povstanskis du mūrinius spirito varyklos pastatus ir 68 dešimtines Pajūrio dvaro žemių pardavė Kazimierui Nausėdai, 600 dešimtinių žemės pardavė buvusiems dvaro tarnams ir darbininkams, o 1909 m. įformino Pajūrio dvaro sodybos su likusia žeme (193 dešimtinėmis) pardavimą savo žmonai Vandai Povstanskienei. Ji 1910 m. dvarą įkeitė Vilniaus žemės bankui. 1915 m. pasitraukė į Rusiją, o grįžusi 1918 m. pab. perėmė iš vokiečių labai apleistą Pajūrio dvarą.

1925 m. buvo šie dvaro pastatai: mediniai dvaro rūmai, trys mediniai gyvenamieji namai ir svirnas, molinis klojimas, mūrinė ir medinė arklidės, mūrinė karvidė ir kalvė. Tuo tarpu, įsigijęs dalį Pajūrio dvaro Kazimieras Nausėda vietoj spirito varyklos įrengė lentpjūvę, malūną, karšyklą bei verpyklą. 1935 m. dalį savo turto padovanojo vienuoliams pranciškonams, kurie buvusią spirito varyklą pritaikė vienuolynui ir į Pajūrį iš Kretingos perkėlė naujokyną. 1935 m. gegužės 19 d. Pajūryje iškilmingai pašventintas pranciškonų vienuolynas. 1940 m. Pajūrio dvaras sovietų valdžios nusavintas, vienuolyno pastate įkurta žemės ūkio mokykla. Pokario metais Pajūryje veikė vienmetė žemės ūkio mokykla. 1955 m. ši mokykla pertvarkyta į žemės ūkio technikumą ir pradėti ruošti agronomai. 1980 m. Pajūrio tarybinis ūkis-technikumas reorganizuotas į profesinę kaimo mokyklą, o pastaroji 1989 m. - į Pajūrio žemės ūkio mokyklą. Šiuo metu pastate, vad. bravoru įrengti butai.