1863 m. sukilimo aukoms atminti Rubikuose buvo pastatyta koplytėlė. 1935 m. kanauninkas Anupras Stonys čia įkūrė filiją ir netrukus pastatė bažnyčią, kuri priklausė Sedos parapijai. Buvo išrinktas bažnyčios komitetas: Severinas Rapalas, Petras Kreišmonas, Petras Lukošius, Kazimieras Valančiauskas, Viktoras Niūniava, Kazimieras Kesminas. Organizuojant bažnyčios statybą pirmieji atsiliepė pasiturintys ūkininkai S. Rapalas ir Antanas Antanavičius. Buvo važiuojama per kaimus ir renkamos lėšos, statybinės medžiagos. Žmonės surinko pakankamai lėšų, valdžia parėmė statybinėmis medžiagomis. Statė meistras Tadeušas Norkus iš Mitkaičių kaimo, jam talkino Petras ir Valius Strazdauskai. Stogą dengė Donėla. Varpinę statė ir bažnyčios klaupkas bei Didįjį Altorių padirbo Antanas Skabeikis. Varpas nulietas Kaune, J. Masalskio liejykloje 1938 m. Bažnyčią 1936-08-16 pašventino kunigas Nikodemas Juozapas Petkus.

Už šventoriaus tvoros buvo pasodontos Balėnų girininko Šeteko parūpinti liepų sodinukai, jo rūpesčių medžiais apsodinta ir kapinių teritorija. Kapams vieta parinkta 1935 m. Žemę kapinėms dovanojo K. Kesminas. Iki tol mirusiuosius veždavo laidoti į Grūstę ar Ketūnus. 1960 m. Mažeikių rajono vykdomajam komitetui perėmus senosios Mažeikių bažnyčios patalpas, iš jos du šoniniai altoriai ir Švč. Jėzaus Širdies statula buvo perkelti į Rubikų bažnyčią. Bažnyčia pašvęsta Šv. Roko Išpažinėjo garbei.

1937 m. prie bažnyčios esanti špitolė perleista mokyklai, kuri šiose patalpose yra iki šiol. Pirmasis zakristijonas - Kazimieras Jučinskas, vargonininkas - Domas Antanavičius. Kunigaujant Anuprui Stoniui klebonija buvo pas Oną Perminaitę. Kadangi O. Perminaitės tėvų namas buvo labai mažas, tai gyventojų sutarimu buvo pastatytas didelis priestatas ir ten įkurdintas kunigas. 1942 metais mirus kunigui A. Stoniui ir kunigauti pradėjus kitam kunigui, buvo atsisakyta O. Perminaitės paslaugų ir ji naujo kunigo į buvusią kleboniją neįsileido. Tada Morta Končienė prie savo namų leido pristatyti priestatą ir kunigas apsigyveno tenai.

Bažnyčia medinė, stačiakampio plano, vienanavė. Stogo galuose pastatyti bokšteliai. Šventorius aptvertas medine iš statmenų lentelių tvora. Pakraščiuose auga daug aukštų medžių. Šalia bažnyčios yra medinė varpinė. Bažnyčioje įrengti trys altoriai.