Medinę bažnyčią Skaruliuose (tada vadinti Lipnikais) fundavo ir pastatė M. ir M. Stankovičiai. Mikalojui Stankovičiui mirus, jo žmona Magdalena ir kiti paveldėtojai 1522 m. šiai bažnyčiai užrašė Lipnikų dvarą. XVI a. pabaigoje Lipnikai perėjo Skarulskiams ir pradėti vadinti Skaruliais.

Nauja mūrinė bažnyčia senosios vietoje pastatyta 1620–1622 metais. Jai suteiktas Šv. Onos titulas. Bažnyčios fundatorius buvo Andriejus Skarulskis. XVI a. pabaigoje, 1582–1584 metais, A. Skarulskis kaip dvariškis lydėjo kunigaikštį Mikalojų Kristupą Radvilą Našlaitėlį į Šventąją Žemę (ir buvo vieni pirmųjų LDK piligrimų joje) ir, kaip manoma, naująją bažnyčią vėliau statė įkvėptas vienos Jeruzalėje matytos bažnyčios pavyzdžio. Neabejotina, kad naujoji bažnyčia kaip padėkos ženklas Dievui įamžino sėkmingą dvejus metus trukusią piligrimystę. Ją mena priekiniame bažnyčios fasade, virš durų, taip pat didžiajame altoriuje išlikęs vadinamasis Jeruzalės kryžius – Šv. Kapo riterio ženklas (mat abiem piligrimams Šv. Kapo bazilikoje buvo suteiktas Šv. Kapo riterio vardas).

Tai viena autentiškiausių senųjų bažnyčių Lietuvoje.