Stirniuose jau 1726 m. buvo dvi koplyčios: viena – jėzuitų Šv. Jono koplyčia. Perstatoma Stirnių koplyčia (panašu, jog buvusi jėzuitų) išliko iki XX a.1922 m. įkūrus parapiją, pamaldos laikytos koplyčioje. 1931 m. kitoje vietoje pastatyta laikina medinė bažnyčia. 1937–1940 m. pastatyta dabartinė akmenų mūro bažnyčia. Klebonas ką tik baigus statyti akmeninę bažnyčią 1941 m. birželio 29 d. besitraukiančių raudonarmiečių nukankintas ir nušautas ant Stirnių ežero kranto.