Sudargo evangelikų liuteronų parapija įkurta 1842 m. Jau 1843 m. pradėtos vesti metrikų knygos. 1842 m. vasario mėnesį parapija nutarė pasistatyti savo maldos namus. Statyba daugiausiai rūpinosi parapijos nariai zalcburgiečiai. Jie gyveno Sudargo, Grinaičių ir Šiaudinės kaimuose, buvo daugiausia amatininkai. Tai jie labiausiai rėmė bažnyčios statybą lėšomis. Pirmoji bažnyčia buvo medinė. Ji Sudarge stovėjo iki 1916 m. Sudargo parapijos nariai dar 1912 m. nutarė pasistatyti didesnę mūrinę bažnyčią. 1913 m. buvo išmūrytos sienos ir uždengtas bažnyčios stogas, o 1914 m. – pastatytas bokštas. 1916 m. spalio 22 d. naujoji bažnyčia pašventinta.

Per Antrąjį pasaulinį karą bažnyčia buvo sunaikinta – ją prieš pasitraukdama susprogdino Vokietijos kariuomenė. Griuvėsių likučiai sovietinės valdžios panaudoti tvartų, krosnių statyboms. Bažnyčios vietoje buvo pastatyta maisto ir alkoholinių gėrimų parduotuvė. Sovietmečiu Sudargo parapijos pamaldos vyko klebonijoje įrengtoje maldos salėje. Iki pat Lietuvos nepriklausomybės atkūrimo tai buvo vienintelė veikianti parapija visoje Užnemunėje. 2011 m. gegužės 10 d. klebonija sudegė.

Dabartinė Sudargo evangelikų liuteronų bažnyčia 1953–1996 m. stovėjo Visbeke (Vokietija, Žemutinė Saksonija). 1995 m. partnerinius ryšius su Visbeko parapija užmezgė kunigė Tamara Kelerytė-Schmidt. 1996 m. kunigo Virginijaus Kelerto iniciatyva bažnytėlė buvo demontuota, parvežta į Lietuvą. 1996 m. gruodžio 23 d. kun. V. Kelertas pašventino bažnyčios kertinį akmenį. Bažnyčia užbaigta ir pašventinta 1997 m. rugpjūčio 17 d. Tais pačiais metais Visbeko parapijoje vokiečiai pasistatė didesnę mūrinę Emauso bažnyčią. Emauso bažnyčią suprojektavo architektas modernistas Otto Bartning (1883–1959), Bauhaus stiliaus atstovas. Ji buvo viena iš 33 vadinamųjų "Kančios bažnyčių" (vok. Notkirche), vienintelis šio architekto statinys Lietuvoje. Šios programos kulto pastatams būdinga serijinė ar surenkamoji konstrukcija. Tai buvo neatidėliotina programa vietoje karo metais sunaikintų protestantiškų bažnyčių ir pabėgėlių telkimosi centruose. Bažnyčios statymo metu Sudarge jos skersinė stačiakampio formos erdvinė orientacija buvo pakeista į ilgą erdvę. Dabartiniame statinyje altorius ir suolai yra pasukti 90° kampu.