Užpalių parapijos Klebono Silvestro Grubinsko (Užpaliuose klebonavo 1845–1853 m.) rūpesčiu klasicistinė mūrinė Užpalių bažnyčios varpinė pastatyta 1847 metais. Varpinė statyta parapijiečių lėšomis (akmenyje yra įrašas: "1847 Ta Dzwonica za Administracją X. S. Grabinskiego kosztem parafian wymurowana"). 1869 m. bažnyčios inventoriuje rašoma, kad varpinė nauja, mūrinė, triaukštė, pirmasis aukštas mūrytas iš akmenų, o du viršutiniai – degtų plytų; jos durys dažytos aliejiniais dažais. Varpinėje buvo trys varpai. 1849 m. bažnyčios kronikoje minimi du varpai, lieti 1788 m. ir 1789 m. Rygoje, 1806 m. lietas J. S. Wehnerio, bei varpelis, 1824 m. lietas Rygoje. Didysis varpas svėrė 317 kg, šerdis - 18,8 kg. Neilgai šaukė tikinčiuosius varpai, caro žandarai juos nukabino. Lietuvos nepriklausomybės metais skambėjo du varpai. Pokario metais jie tylėjo. Tik po Stalino mirties, 1953 metais, pakvietė tikinčiuosius Šv. Kalėdų šventei. 1971 09 29 varpinė buvo įrašyta į valstybės saugomų architektūros paminklų sąrašą.

Varpinė stovi šventoriaus tvoros linijoje, pagrindiniu fasadu atgręžta į pietus. Prie jos šiaurės fasado glaudžiasi pagrindinė tvoros linija, o prie rytų fasado šono prijungta akmens mūro tvora. Ji stulpinė, trijų, siaurėjančių į viršų, tarpsnių, dengta keturšlaičiu (įlenktais šlaitais) skardos stogeliu su kryžiumi. Pirmojo tarpsnio sienos sumūrytos iš akmens, labai storos (1,80 m), o kitų tarpsnių – iš plytų, tinkuotos. Varpinė – romantizmo laikotarpio statinys, kurio architektūroje persipina liaudiškojo romantizmo bruožai su neobarokui būdingomis detalėmis.