Veprių dvaras rašytiniuose šaltiniuose pirmą kartą minimas 1542 m. Tuomet jis priklausė Kęsgailoms. Vėlesniais savininkais buvo Šemetų (XVI a. II p. – XVII a. vid.), Oginskių ( XVII a. vid.) giminės. XVII a. pab. Veprių dvaras kraičio keliu atiteko Tyzenhauzams. 1808 m. Ignotas Tyzenhauzas (1762-1843) pardavė dvarą Juozapui Dominykui Kosakovskiui (1771-1840), kuris žinomas kaip 1831 m. sukilimo dalyvis, vienas iš Ukmergės krašto sukilėlių vadovų. 1831 m. sukilimo metu Veprių dvare kartu su sukilėliais buvo apsistojusi Emilija Pliaterytė (1806-1831). Vėliau dvarą, kaip savo šeimos rezidenciją, perėmė Juozapo Kosakovskio duktė Pelagėja, 1833 m. ištekėjusi už škotų kilmės tarnautojo Aleksandro Bower Saint Clair (1800-1880). Tuo metu Veprių dvaras, jo parkas buvo atnaujinti. Apie 1883 m., po gaisro, dvarą įsigijo grafas Adomas Alfredas Gustavas Pliateris (1836-1909), tačiau čia negyveno. 1910 m. jo sūnus, Marijonas Steponas Vandalinas Broel Pliateris (1873-1951) ir jo žmona Liudvika Marija Janina Irena Holynska (1888-1952) Vepriuose įkūrė pagrindinę savo rezidenciją. M. S. V. Broel Pliateris buvo žinomas kaip aktyvus kultūros veikėjas, archeologas, kolekcininkas, bibliofilas. Jo valdymo metu pastatyti ar rekonstruoti dauguma Veprių dvarui priklausiusių statinių. 1924 m. valstybės nusavinto dvaro bazėje įkurta žemesnioji žemės ūkio mokykla.