Bažnyčia įsikūrusi nuo XVIII a. buvusios koplyčios ir kapinių vietoje. Koplyčia 2006 metais buvo perduota armėnų religinei bendruomenei, kurie įsteigė vienintelę Vilniuje armėnų katalikų apaštališkają bažnyčią. Ši bažnyčia laikoma mažiausia bažnyčia Vilniuje, pastato plotas tik 54 kv. m.