Ši bažnyčia visuomet buvo kareiviškieji maldos namai. XX amžiaus pradžioje čia buvo Pakrovskajos cerkvė, kurioje lankėsi Alytuje įkurdinti tuometės carinės Rusijos kariai. Pasibaigus Pirmajam pasauliniam karui cerkvė rekonstruota į bažnyčią, pašventinta Šv. Kazimiero vardu ir šalia jos įsikūrusiems ulonams tapo Įgulos bažnyčia. Sovietmečiu joje buvo druskos sandėlis, vėliau – įsikūrė mašinų gamyklos klubas. Atgimimo laikotarpiu bažnyčia grąžinta tikintiesiems. Dėl apsilankymo bažnyčioje ne Mišių metu reikia tartis su klebonu telefonu.