Apytalaukis – viena seniausių vidurio Lietuvos gyvenviečių, kurios pavadinimas pirmą kartą rašytiniuose šaltiniuose paminėtas 1371 m. XV a. spėjama, čia buvus didelio dvaro su gyvenamuoju ir ūkiniu sektoriumi, į kurio sudėtį įėjo vėliau atsiradusi Kėdainių žemė. Žinoma, kad 1587 m. Apytalaukio dvaras priklausė Kauno pavieto žemininkui Petrui Šiukštai, fundavusiam pirmosios medinės katalikiškos bažnyčios Apytalaukyje statybą. Po jo mirties Apytalaukis atiteko vyriausiajam sūnui Petrui Šiukštai - Žemaičių žemės teisėjui, Ariogalos tijūnui, karališkajam sekretoriui, kuris atstovavo pavieto bajorams sprendžiant svarbiausius Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės ir visos Lenkijos-Lietuvos valstybės reikalus. Su jo vardu siejamas pirminis Apytalaukio mūrinės dvaro sodybos raidos etapas, jėzuitų mūrinės bažnyčios statybos fundacija Apytalaukyje. Po Petro Šiukštos mirties dvarą paveldėjo brolis Kristupas Šiukšta, vėliau – jo sūnus Adomas Šiukšta. Šiukštų giminei Apytalaukio dvaro sodyba priklausė 175 m. Apie 1756 m. Apytalaukio dvarą iš Šiukštų nupirko Plungės seniūnas Jokūbas-Ignas Karpis, su kurio vardu sietina barokinė dvaro rūmų rekonstrukcija. Karpių giminės rankose Apytalaukio dvaro sodyba išbuvo iki 1809 m., o tada testamentu užrašyta Igno Karpio seseriai Joanai Karpytei (1777-1816) – Mykolo Tiškevičiaus (1761-1813) žmonai. Tiškevičiams dvaras priklausė maždaug iki 1838-1840 m. Žinoma, kad jau XVIII a. dalis Apytalaukio dvaro žemių, tarp jų ir vad. "palivarkas" priklausė Zabielų giminei. XIX a. vid. visas Apytalaukio dvaras atiteko broliams Karoliui (g. 1809) ir Juozapui Zabieloms, Anupro Zabielos ir Kristinos de Vossberg sūnums. Karolis Zabiela persikėlė gyventi į naujai įsigytą Apytalaukio dvarą, jam valdant vyko pirmoji dvaro sodybos rekonstrukcija. Po tėvo mirties dvarą paveldėjo sūnus Henrikas. Vedęs Jadvygą Komaraitę iš Baisogalos, susilaukė dviejų sūnų: Vladislavo (gim. 1865 m.) ir Karolio (gim. 1867 m.).

Karolis Zabiela nuolatine savo rezidencija pasirinko Apytalaukį ir 1880 m. pradėjo II – ąją dvaro sodybos rekonstrukciją, užtrukusią iki XX a. pr. Pirmojo pasaulinio karo metais Apytalaukio dvaras nenukentėjo. Vykdant Lietuvos Respublikos žemės reformą, buvo nusavintos dvaro žemės, palikta 13 ha sodybai su parku ir 80 ha dirbamosios žemės. Dvaro sodyba nacionalizuota 1940 m. Antrojo pasaulinio karo metu rūmai buvo vokiečių kariuomenės užimti, o beatsitraukiant sprogdinti. Po sprogimo išliko 1/3 pastato dalis. 1948 m. dvaro sodyba paskirta Invalidų namams, 1951-1952 m. atstatytas rūmų pastatas. Globos namų pavadinimas ir priklausomybė buvo ne kartą keičiami, jie Apytalaukyje veikė beveik 60 m., o 2007 m. perkelti į Šlapaberžės kaimą. Šiuo metu dvaro sodyba nuosavybės teise priklauso Kėdainių rajono savivaldybei.