Didiko Petro Šiukštos rūpesčiu 1635 m. vietoj medinės bažnyčios pradėta statyti mūrinė. 1902-1919 m. bažnyčia buvo suremontuota (tokia liko iki šių dienų). Apytalaukio Šv. Apaštalų Petro ir Povilo bažnyčia yra barokinė, turinti Renesanso bruožų, lotyniško kryžiaus plano su vakarų pusėje įrengtu varpinės bokštu. Bažnyčios vidų dengia cilindriniai skliautai. Šalia bažnyčios yra parapijinės kapinės. Kapinėse ir bažnyčios rūsiuose palaidoti Apytalaukio savininkų Šiukštų ir Zabielų palikuonys.