Babtų kraštotyros muziejus įkurtas 1958 m. mokyklos patalpose. Mokiniai maždaug nuo 1947 m. atnešdavo senovinių monetų, akmeninių kirvukų, buitinių daiktų, kuriuos mokytoja, muziejaus įkūrėja Marija Markauskienė panaudodavo istorijos pamokose. 1971–2003 m. muziejus veikė mediniame vieno aukšto name su mansarda. Kai namo savininkas Boleslovas Dobkevičius atsiėmė jam priklausantį iš tėvų paveldėtą pastatą, muziejus persikėlė į seniūnijos patalpas Nevėžio g. 3. Muziejuje veikia nuolatinė ekspozicija Babtų senovės, valstiečių verslų, amatų ir buities, 1863 m. sukilimo atgarsių, švietimo temomis. Šiuo metu taip pat eksponuojama sena buitinė technika. Mokslo metų eigoje muziejuje vedamos pamokos įvairių klasių moksleiviams. Kartu su Raudondvario dvaro sodyba ir Kauno rajono muziejumi sudaro kultūrinio turizmo maršrutą Kauno rajone.