Pagiriuose gyvenusio kunigo Albino Alseikos iniciatyva 1911 m. šventoriaus pietvakariniame kampe, prie aikštės, pastatyta keturių tarpsnių, neogotikinių formų mūrinė varpinė. Per karą Pagirių miestelis buvo beveik sunaikintas, tačiau varpinė, nors ir apgriauta, išliko. Neįprasta yra tai, kad šalia buvusios medinės bažnyčios buvo mūrinė varpinė.

Vėliau varpinė buvo restauruota, o šiuo metu joje įrengta ekspozicija apie miestelio istoriją, greta pastatytas stogastulpis (autorius – tautodailininkas Artūras Narkevičius), skirtas svarbiausioms Pagirių istorijos datoms įamžinti. Šalia varpinės auga Savanorių, Atgimimo ir Atminimo ąžuolai.

Dabartinė bažnyčia buvo įrengta parapijos namų dviaukščiame pastate.