Benediktinių vienuolyno ansamblis formavosi nuo XVII iki XIX a. Mikalojus ir Kotryna Horodiskiai atvykusias vienuoles įkurdino savo gotikiniame name, apie kurį formavosi visas vienuolyno ansamblis. XVII a. pab.-XVIII a. - vienuolyno klestėjimo laikotarpis. 1686 m. ir 1691 m. į vienuolyną įstojo ir LDK pakamario Jono Felikso Paco dukterys Sibilė ir Ona, atsinešusios stambius kraičius. XIX amžius vienuolynui, kaip ir visai Katalikų bažnyčiai Lietuvoje, buvo ypatingai nepalankus. Atimtos žemės, uždrausta priimti mokines, uždarytas noviciatas. Antrojo pasaulinio karo metu ir po jo bažnyčia ir vienuolynas smarkiai nukentėjo, dingo daug vertingų meno kūrinių. Tarybiniais metais bažnyčia priklausė Vilniaus dailės muziejui, joje buvo įrengtas sandėlis, vienuolyno patalpose - įstaigos ir butai.