Pirmieji šio dvaro savininkai XVIa II-oje pusėje buvo Simono sūnūs Petras ir Kasparas Blinstrubai Alsiškiai. Kasparo sūnus Adomas Blinstrubas Alsiškis 1601 m. dvarą išplėtė prijungdamas Sujainių žemes. Dvaras Blinstrubams priklausė iki 1736 m. ir buvo parduotas mirus paskutiniam jo savininkui – Jurgiui Blinstrubui. Jurgis Blinstrubas buvo Adomo anūkas. Valdant šį dvarą Blinstrubams jis pradžioje buvo vadinamas Alsios dvaru, o jo savininkai naudojo antrą pavardę Alsiškis. Vėliau dvaras buvo vadinamas Viduklės – Paalsės dvaru (lenk. Widukl Poolsie) ir tik XVIIIa. pirmoje pusėje pradėtas vadinti Blinstrubiškiais. Alsio ir Paalsės pavadinimas atsirado dėl to, kad šlia teka upelis Alsa. Pats dvaras buvo medinis ir sudegė per II pasaulinį karą. Be įvarių pastatų dvaras turėjo nuosavą malūną (greičiausiai vandens) ir karčemą prie kelio Raseiniai – Nemakščiai. 1645 m. Jonas (karalių Vladislovo IV ir Jono Kazimiero sekretorius) ir Elena Blinstrubai savo dvaro teritorijoje, ant kalnelio prie Alsos, kalvinistų kapinėse pastatė mūrinę koplyčią, kurią 1696 metų gegužės 1 dieną išgriovė Adomo brolio Jurgio sūnus Boguslavas Blinstrubas ir už tai buvo nuteistas.

1736 m. dvaras buvo parduotas bajorams Uvainiams, kurie taip pat naudojo "Gulbės" herbą. Vienas iš Uvainių prieš mirdamas, paliko dvarą savo nepilnametėms dukterims, o jų globą pavedė kažkokiam Micevičiui. Šis vėliau dukras atidavė į vienuolyną, o pats užvaldė dvarą. Tačiau, po kažkurio laiko, kažkoks Kazimieras Antanas Burba iš Pašušvio, vedė vieną iš Uvainyčių – Oną Uvainytę, taip išlaisvindamas ją iš vienuolyno. Dvaras sugrįžo Uvainytėms, o Micevičiui buvo iškelta byla dėl turto užgrobimo. Kazimieras Burba su Ona Uvainyte susilaukė keturių vaikų – sūnaus Kleto (kuris vėliau tapo gubernijos diduomenės maršalka) ir trijų dukterų. Viena iš dukterų ištekėjo už Kiprijono Mykolo Jančevskio, Raseinių pavieto teisėjo Prano Jančevskio sūnaus. Kiprijonas Jančevskis mokėsi pas Adomą Mickevičių Kaune bei Kražių gimnazijoj, priklausė slaptai "Juodųjų brolių" sąjungai. Vėliau už neleistiną veiklą buvo nuteistas mirties bausme, tačiau carui pasigailėjus, bausmė buvo pakeista į tremtį Bobruiske. Grįžęs iš tremties buvo Raseinių pavieto diduomenės maršalka.

Kiprijonas turėjo du sūnus Kazimierą ir Edvardą (1846-1918). Profesorius Edvardas Glinka Jančevskis buvo žymus lenkų botanikas. Jis vedė Jadvygą Šetkevičiūtę (Szetkiewicz) (1856-1941), žymaus lenkų rašytojo, Nobelio premijos laureato Henriko Sienkievičiaus žmonos seserį. Jadvygos kvietimu Blinstrubiškių dvare dažnai lankydavosi poetas Maironis. Edvardui su žmona persikrausčius gyventi į Krokuvą, Blinstrubiškių dvaru iki pat mirties (1935m.) rūpinosi jo brolis Kazimieras. Šiam mirus, dvaru toliau rūpinosi jo sūnus, taip pat Kazimieras. Šis Kazimieras Jančevskis turėjo du sūnus – Henriką (vedusį Sofiją Kosakovskytę iš Žeimių) ir Tadą (vedusį Ireną iš Kražių). Jančevskiams dvaras priklausė iki pat Antrojo pasaulinio karo. Henrikas Jančevskis prisimena, kad dvaras buvo medinis, statytas 1740 (?) (manoma, kad naują dvarą seno vietoje pastatė Boguslavas Blinstrubas, tik šiek tiek anksčiau) . Jį statyti pradėjo paskutinysis Blinstrubas, o baigė Uvainiai. Pastatas turėjo iš akmenų mūrytą pamatą. Tiek pastato priekyje, tiek nugarinėje pusėje buvo didelės verandos su laiptais. Pastatas buvo horizontaliai apkaltas plačiomis obliuotomis lentomis. Dvaras buvo gana skurdžiai įrengtas ir tik XIXa. reprezentaciniuose kambariuose buvo pastatytos baltos koklinės krosnys. Viename kambaryje buvo paliktas senovinio tipo aukštas plytinis židinys. Reprezentaciniuose kambariuose buvo tapetuotos sienos, o kituose tiesiog dažytos. Priešais dvarą augo piramidiniai topoliai. Prie Alsos upelio buvo jaunų liepų alėja. Aplink dvarą augo senos liepos sodintos dvaro statybos laikais bei nemažai maumedžių ir kaštonų. Kaštonais buvo apsodinta ir alėja vedanti nuo dvaro link Raseinių.

Šiuo metu Blinstrubiškiuose yra senelių namai ir keletas sodybų. 1946 m. Blinstrubiškių dvaro teritorijoje buvo įsteigti invalidų namai. 1968–1970 m. senieji prieglaudos pastatai buvo nugriauti, prieglaudai pastatyti nauji, juose įkurdinta 400 globotinių.