Istoriniuose šaltiniuose Čekiškė pirmą sykį paminėta dar 1600 m., tačiau miestelis pradėjo formuotis XVII-XVIII a. sandūroje. 1762 m. Čekiškės miesteliui buvo patvirtinta teisė rengti kassavaitinius turgus.

Manoma, jog pirmieji žydai Čekiškėje apsigyveno dar XVII a. pabaigoje, o bendruomenė augo palaipsniui su pačiu Čekiškės miesteliu. Žinoma, jog 1765 m. Čekiškėje jau stovėjo viena žydų sinagoga. Tarpukariu žydai sudarė apie 70 proc. visų miestelio gyventojų. Jiems priklausė daugiau nei 20 parduotuvių, keturi restoranai, lentpjūvė, odos ir kailių dirbtuvės, žydų liaudies bankas bei įvairios jaunimo organizacijos. 

Kada tiksliai buvo pastatyta išlikusi sinagoga - nėra iki galo aišku. 1887 m. miestą nusiaubus gaisrui, buvo pradėta rūpintis naujos sinagogos statyboms. Čekiškės sinagoga buvo pastatyta iš raudonų plytų, ir iki šių dienų jos eksterjeras ir vidinis pastato išplanavimas ganėtinai mažai pakito. Sinagogos viduje išliko neobarokinio stiliaus Aron kodešas (Toros rinkinių saugojimo vieta), ir maža dalis kadaise sinagogą puošusios sieninės tapybos.

Mažai kam žinoma, tačiau Čekiškės sinagoga turi savo seserį dvynę, stovinčią už Atlanto vandenyno, Burlingtono mieste (Vermonto valstija), kurios viduje stovi itin panašus Aron kodešas.