Kaltinėnų miestelyje žydų bendruomenė pradėjo kurtis gana vėlai – XIX a. viduryje, kai miestelis jau buvo nebe Abiejų Tautų respublikos, bet Rusijos imperijos jurisdikcijos dalis. Dabartinė išlikusi medinė sinagoga miestelyje buvo ir paskutinė čia statyta sinagoga jau artėjant Antrajam pasauliniam karui – 1938 m. Pastatas iš anksto projektuotas ir kaip sinagoga, ir kaip rabino gyvenamoji erdvė. Simboliškai rabino gyvenamieji kambariai numatyti it kiek žemesnis priestatas prie aukštesnės, labiau Dievop bekylančios, maldos namų dalies.

Vėlyva pastato architektūra atspindi ir modernėjantį religinį gyvenimą – nors išliko moterų balkonas, tačiau jis neturėjo atskiro įėjimo, visiems bendruomenės nariams įėjimas buvo vienas. Nuniokota karo metu, o sovietmečiu laikyta už ūkio reikmenų sandėlį šių dienų sinagogos padėtis primena ne šurmuliuojančius tarpukario Kaltinėnų laikus, bet vietos žydų bendruomenės pražūtį Holokausto metu.