Pirmoji medinė Čiobiškio bažnyčia pastatyta jėzuitų XVII a. Mūrinė pradėta statyti 1810 m. dvarininkės E. Švikauskienės lėšomis. 1812 m. jai mirus, toliau bažnyčią statydino naujasis Čiobiškio savininkas Jonas Krizostomas Pilsudskis (bažnyčioje yra jo portretas). Bažnyčia baigta 1816 m. Projekto autorius nėra žinomas nors buvo hipotezių, kad ji galėjo būti statyta pagal L. Stuokos-Gucevičiaus projektą. Bažnyčia su varpinėmis bei šventorių juosiančia akmenų mūro tvora su koplytėlėmis sudaro klasicizmo stiliaus ansamblį. Pati bažnyčia yra stačiakampio plano, trinavė.