Muitinės muziejus įsteigtas 1994 metais. Jame kaupiama ir saugoma istorinė, dokumentinė ir kitokia medžiaga, susijusi su muitinės istorija. Nuo muziejaus veiklos pradžios jo fonduose sukaupta daugiau kaip 7 tūkst. įvairių eksponatų. Apie 3 tūkst. jų naudojama nuolatinėse ekspozicijose. Iš viso veikia keturios ekspozicijos.

Pirmojoje iš jų galima susipažinti su muitinės istorija Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės ir Rusijos imperijos laikotarpiais bei 1918 m. atkūrus nepriklausomą Lietuvos valstybę. Lankytojams bus įdomu pamatyti minėtų laikotarpių eksponatus, tarp jų − dokumentus, autentišką carinės Rusijos bei Prūsijos pasienio stulpą, nuotraukas, atvirukus, pasakojančius apie muitinių, pasienio perėjimo punktų veiklą. Dėmesį patrauks "šventosios kontrabandos" stendas, kuriame eksponuojama medžiaga, susijusi su lietuviškos spaudos draudimo laikotarpiu, 1920 m. stulpelio demarkacinei linijai žymėti kopija, 1922−1923 m. Memelio krašto Kantvainių pasienio muitinės lenta, vieno iš tarpukario muitinės vadovų − A. Dantos vyriausybiniai apdovanojimai, tarpukario laikotarpio muitininko uniforma ir kiti įdomūs eksponatai.

Antroji ekspozicija apima laikotarpį nuo 1940 m. birželio mėnesio, kai Sovietų valstybės kariuomenei okupavus Lietuvą jos muitinės veikla buvo nutraukta. Po Antrojo pasaulinio karo Sovietų valstybės okupacinis periodas truko iki 1990 m. Tada Lietuvos valstybės teritorijoje veikė sovietinės muitinės. Ekspozicija supažindina su sovietinės kariuomenės, omonininkų agresija prieš atkurtos Lietuvos nepriklausomybę, muitinės postų užpuldinėjimais bei tragiškais 1991 m. liepos 31 d. įvykiais Medininkų pasienio poste. Medininkų tragedijos aukas − muitininkus A. Musteikį, S. Orlavičių, R. Rabavičių, sunkiai sužeistą T. Šerną, greito reagavimo rinktinės "Aras" pareigūnus M. Balavaką ir A. Juozaką, kelių policijos darbuotojus J. Janonį ir A. Kazlauską bei 1991 m. liepos 19 d. Krakūnų pasienio poste nužudytą Šalčininkų pasienio užkardos Dieveniškių patrulių tarnybos baro pamainos viršininką G. Žagunį primena demonstruojami asmeniniai daiktai, dokumentai ir nuotraukos. Dėmesio verti ir autentiški Lietuvos muitinės bei pasienio postų registracijos žurnalai, kuriuose gausu įrašų apie nuolatines agresorių provokacijas ir puldinėjimus.

Trečioji ekspozicija pasakoja apie muitinės veiklą po 1990 m. kovo 11 d. Lietuvos nepriklausomybės atkūrimo ir po 2004 m. gegužės 1 d. Lietuvos įstojimo į Europos Sąjungą. Lankytojai gali pamatyti peršautą Lietuvos Respublikos vėliavą, kabojusią Lavoriškių poste, pirmąsias Lietuvos pareigūnų − Savanorių krašto apsaugos tarnybos, muitinės, pasienio policijos, dabartinę muitininko ir mobiliosios grupės specialiąją uniformas, dabartinio Lietuvos pasienio stulpo kopiją, plombas ir plombavimo priemones. Išskirtinį dėmesį patraukia jūriniame konteineryje demonstruojami sulaikyti kontrabanda gabenti daiktai. Ne vienas nustebs pamatęs, kaip išradingai kontrabandininkai geba slėpti nelegaliai gabenamas prekes.

Ketvirtojoje ekspozicijoje galima pasigrožėti iš daugelio pasaulio šalių įvairiomis progomis gautais įdomiais suvenyrais ir dovanomis. Nepraleiskite galimybės pabuvoti viename iš nedaugelio muziejų, kur kai kuriuos eksponatus ne tik galima, bet ir būtina liesti. Interaktyvios eksponatų paieškos, patraukliai pateikta informacija kompiuteriuose su jutikliniais ekranais, filmuota vaizdo medžiaga, į judesį reaguojančios garso sistemos ir kitos šiuolaikinės technologijos padės pažinti Lietuvos muitinės istoriją iš arti.