Nuo XVI a. iki XX a. pradžios Vainežerio dvarą ir jo derlingas žemes valdė keletas didikų: V. Kopočius, M. Oginskis, J. Masalskis, M. Žinevas, Tiškevičius, I. Ablamavičius ir jo dinastija. Vainežerio (Justinavo) dvaro rūmai iškilo XVIII a., šalia užveistas parkas. Ignaco Ablamavičiaus valdymo laikais, 1831 m. Justinavo dvare mirė grafaitė, sukilimo dalyvė Emilija Pliaterytė (dvarvietėje pastatyta jos skulptūra).

1922 m. dvaro žemės buvo išparceliuotos. Rūmuose įsikūrė Seinų apskrities urėdija ir Vainežerio pradinė mokykla. Karo metais dvaras nenukentėjo. 1948 m. dvaro pastatai sudegė.