Tai - žymiausia bažnyčia Šakių krašte, dar Zanavykų krašte garsėjanti šv. Onos atlaidais. Pirmoji medinė bažnyčia Griškabūdyje pastatyta Teklės Vyšniaveckienės lėšomis 1742-1743 m. Ją 1743 m. konsekravo Žemaičių vyskupas Antanas Tiškevičius. Parapija buvo atiduota Naumiesčio karmelitams. Naumiesčio karmelitai čia įkūrė savo skyrių. Karmelitai pagal inžinieriaus architekto Juozapo Vališausko projektą 1792-1796 m. pastatė dabartinę medinę bažnyčią ir varpinę. 1805 m. uždarytas karmelitų vienuolynas (1840 m. pastatas sudegė). 1877-1880 m. įrengtas naujas altorius, bažnyčia remontuota. Vargonus specialiai Griškabūdžio bažnyčiai 1804 m. sukūrė žymus Rytprūsių meistras Georgas Adamas Neppertas. Juos galima pamatyti ir šiandien.
Spaudos draudimo laikotarpiu (1864-1904 m.) vargonininkas, knygnešys Antanas Švedas bažnyčios vargonuose ir varpinėje slėpė lietuvišką spaudą. Jis draugavo su Jonu Jablonskiu, iš jo gaudavo "Aušros" laikraščių. 1906 m. įsikūrė "Žiburio" draugijos skyrius (pirmininkas kunigas Juozapas Marma). Jis 1909 m. įsteigė biblioteką - skaityklą ir arbatinę. 1911 m. bažnyčia remontuota. Per Pirmąjį pasaulinį karą varpinė ir klebonija sudegė, vokiečiai pasiėmė 2 varpus. Nuo 1922 m. klebonavęs Juozas Vaičaitis (1881-1961) 1929 m. atnaujino bažnyčią, 1933 m. pagal inžinieriaus Antano Bistricko projektą pastatė gelžbetoninę varpinę. Klebonas Juozas Adomaitis (1901-1983), (Griškabūdyje 1945-1951 m.) ištremtas 20 m. į Sibirą. Vėlesnis klebonas Pranas Litvinas bažnyčią suremontavo.
Medinė aštuoniakampė klasicistinė Griškabūdžio bažnyčia stovi lygioje vietoje, ilgos stačiakampės aikštės kampe. Pažymėtina, kad Griškabūdžio karmelitų bažnyčia yra vienintelis išlikęs daugiakampės klasicistinės medinės bažnyčios Lietuvoje pavyzdys. Šio unikalaus statinio interjerą dengia plokščios lubos, atremtos į keturias mūrines jonėnines kolonas. Lubų vidurio perdanga pakelta ir imituoja veidrodinį skliautą. Aštuoniakampę dalį juosia galerija, o sienas dengia polichrominė sienų tapyba, daugiausia imituojanti architektūros elementus. XVIII a. pab. - XIX a. pr., kol čia dar buvo karmelitai, bažnyčią puošė septyni altoriai. Bažnyčios viduje yra kultūros vertybių: XVIII a. Simono Sorio italų mokyklos dailininko darbas "Šventoji trejybė", dalininko Guty sukurti barokiniai altoriai ir kt.